Om prosjektet
Polymerase chain reaction (PCR) er en molekylærbiologisk metode som brukes til å påvise spesifikke DNA-sekvenser ved å amplifisere arvemateriale. En videreutvikling av denne metoden er real-time PCR, også kalt kvantitativ PCR (qPCR), som gjør det mulig å følge DNA-amplifikasjonen i sanntid ved hjelp av fluorescens. Økende fluorescens reflekterer økende mengde DNA gjennom PCR-syklusene, og gir dermed informasjon om den opprinnelige DNA-mengden i prøven. qPCR er en sentral metode innen medisinsk diagnostikk, blant annet ved påvisning av bakterier og virus, og brukes også innen forskning og analyse av genuttrykk.
Bioingeniørutdanningen ved Høgskolen i Østfold har fått et nytt PCR-instrument Exicycler, som skal tas i bruk i laboratorieundervisningen. For å sikre at instrumentet fungerer optimalt, vil det bli gjennomført en sammenligning med et eksisterende PCR-instrument AriaMx, hvor det vil vurderes instrumentets analytiske evne. Deretter skal det utvikles en prosedyre som evalueres med hensyn til brukervennlighet, altså hvor enkel, tydelig og effektiv den oppleves for brukere.
Metode
Metodesammenligningen utføres ved analyse av 16S rRNA-genet. Det fremstilles renkulturer av bakterier, og genomisk DNA ekstraheres og brukes som templat i PCR-analysene. Hver prøve analyseres parallelt på begge instrumentene under like betingelser. Resultatene sammenlignes ved hjelp av relevante analytiske parametere, som Ct-verdier, presisjon, reproduserbarhet og deteksjonsgrense.
Prosedyren utarbeides med utgangspunkt i produsentens manual, testkjøringer og erfaringer fra metodesammenligningen. Deretter testes den ut av studenter på bioingeniørutdanningen for å vurdere både brukervennlighet og funksjonalitet i praksis.
Bilder:
- Real-time PCR Instrumentene: Agilent AriaMx på venstre side og Bioneer Exicycler V5 på høyre side
- Arbeid I rentrom
Prosjektdeltakere
Shukri Ali, Muskan Murtaza , Abdirahman Mohamed, Samah Abdirab
Om oppdragsgiveren
Oppdragsgiveren er Høgskolen i Østfold (HiØ), bioingeniørutdanningen ved Fakultet for helse, velferd og organisasjon. HIØ er en statlig høgskole med studiesteder i Halden og Fredrikstad. Høgskolen tilbyr et bredt spekter av utdanninger innen blant annet helse- og velferdsfag, teknologi, ingeniørfag, økonomi og lærerutdanninger.
Bioingeniørutdanningen ved fakultetet har et fokus på laboratoriearbeid, medisinsk diagnostikk og kvalitetssikring av analyser. Utdanningen kombinerer teoretisk kunnskap med praktiske ferdigheter, og utdanner studenter til arbeid innen blant annet sykehuslaboratorier, forskning og medisinsk teknologi.
Veileder
Nina Marie Pedersen, Høgskolen i Østfold