Høgskolen i Østfold er partner i to nasjonale forskerskoler som til sammen dekker bredden av ph.d.-utdanningen, og deltagerne i doktorgradsprogrammet kan søke om opptak i en av de. Disse er:
- NORA Research School
- Kontaktperson HiØ: Professor Stefano Nichele
- PROFRES
Kontaktperson HiØ: Førsteamanuensis Hanna Marie Ihlebæk