På institusjonsnivå forholder ledelsen seg til hovedsammenslutningene UNIO, Akademikerne, YS, LO og NITO når det gjelder medlemmene. I henhold til tjenestetvistloven forholder ledelsen seg til alle organisasjonene. Det er p.t. fire hovedtillitsvalgte ved Høgskolen i Østfold.
Nedenfor følger en oversikt over organisasjoner ved HiØ:
Hovedorganisasjon for universitets- og høgskoleutdannede (UNIO)
Hovedtillitsvalgt: Ragnar Knudsen
- Akademikerforbundet
- Bibliotekarforbundet: Ole Vanem (Samantha Josephine Sulit Nysted (Halden) og Tore Olavson Buarøy (Fredrikstad))
- Forskerforbundet: Ragnar Knudsen (lokallagsleder: Tove Sørum)
- LUSP: Andrew Thomas, Camilla Bjørke og Sandra Fylkesnes (Jessica Pedersen Belisle Hansen og Camilla Bjerk Olsen)
- IIØ: Mikjel Thorsrud og Joakim Karlsen (Per Erik Skogh Nilsen og Christian F. Heide)
- HVO: Trude Tonholm og Birte Sjursnes (Kari Megrund og Jan Moren)
- ASC: Electa W. Behrens
- Adm: Valbona S. Wilhelmsen og Siv Skaarer Hansen
- Norsk Sykepleierforbund (NSF): Renate Slang
- Utdanningsforbundet: Solena Pradayrol (Ragnhild Næsje)
Yrkesorganisasjonenes Sentralforbund (YS)
Hovedtillitsvalgt: Ann-Charlot Brandstorp (Tine Sønderby Kristensen)
- Parat: Tine Sønderby Kristensen (Kari Buer)
Landsorganisasjonen i Norge (LO)
Hovedtillitsvalgt: Lena Knudsen
- Norsk Tjenestemannslag (NTL):
- Halden: Jens Olav Johansen
- Fredrikstad: Carita Stafne
- Fellesorganisasjonen (FO): Helen Graarud
- Skolenes landsforbund
Akademikerne (A)
Hovedtillitsvalgt: Pål Kristian Moe (vara: Bengt Morten Maximilian Wenstøb)
- ECONA
- Teknisk-naturvitenskaplig forening (TEKNA): Olav Aaker
- Samfunnsviterne: Bengt Morten Maximilian Wenstøb, Fredrikstad (Ingunn Melleby Fremmerlid, Halden)
- Samfunnsøkonomenes forening
- Naturviterne
- Norsk psykologforening
- Norsk lektorlag
- Norges Juristforbund
- Den norske legeforeningen
Norges ingeniør og teknologiorganisasjon (NITO)
NITO har et forhandlingssamarbeid med Akademikerne i staten og hovedtariffavtalen i staten for Akademikerne gjelder også for NITOs medlemmer.
Tillitsvalgt: Wenche Kristine Lindeland (Rudi Yi Xu)
- Halden: Pål Kristian Moe